この拡張モジュールを使うには libxml 拡張モジュールが必要です。つまり、 --enable-libxml も指定しなければならないということです。 しかし、libxml はデフォルトで有効になっているのでこのオプションは暗黙のうちに指定されています。
WDDX を使用するには、(Apache 1.3.7 以降に付属する) expat ライブラリをインストールする必要があります。